منذ نشأة سمو الشيخ خليفة بن سلمان آل خليفة في طفولته وصباه كان متابعا لكرة القدم وقد بارك سموه ودعم تأسيس نادي الرفاع (الرفاع الغربي سابقا) عندما تم دمج الفريق الذي كان يحمل اسم سموه في منطقة الرفاع مع فريق الشيخ ابراهيم بن حمد آل خليفة، وقد حرص الراحل على المشاركة في تدريبات الفريق بكل تواضع  وتوفير مختلف مستلزمات الفريق من كوادر فنية وإدارية وتجهيزات رغم مسئولياته الرسمية في الجهاز الإداري للحكومة حتى أصبح نادي الرفاع اليوم أحد أبرز الأندية الوطنية بفضل مؤسسه وداعمه خليفة بن سلمان.

ويعتبر الراحل صاحب فكرة بناء أول ستاد رياضي لكرة القدم في المملكة، حيث أنه كان يحضر المباريات النهائية في الملاعب المكشوفة وكان يعايش هموم ومشاكل اللاعبين وقد طرح سموه على الاتحاد البحريني لكرة القدم في مطلع ستينيات القرن الماضي فكرة إنشاء ستاد رياضي لكرة القدم فلقيت تلك الفكرة الترحيب من الاتحاد والمهتمين بالرياضة لتجد النور رغم محدودية الإمكانيات.

فقد افتتح يوم الجمعة 22 ديسمبر 1961 ستاد الاتحاد بمنطقة المحرق ورعى الافتتاح الأمير الراحل الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة ولم يكتفي الشيخ خليفة بن سلمان آل خليفة بطرح الفكرة بل دعمها ماديا عندما كان مديرا للمالية بحكومة البحرين.

وفي مرحلة لاحقة وجه سموه بأن يكون ضمن مرافق ومنشآت مدينة عيسى السكنية بناء ستاد مدينة عيسى (ستاد مدينة خليفة الرياضية حاليا بمنطقة مدينة عيسى) والذي افتتح رسميا عام 1969.

وفي عهد سموه شهدت البحرين طفرة كبيرة على صعيد بناء المنشآت الرياضية لاحقا، حيث دعم الراحل بناء العديد من المنشآت الرياضية الكبرى مثل مدينة عيسى الرياضية ومدينة خليفة الرياضية اللتين تشكلان منارتان مضيئتان في سماء الرياضة البحرينية وكان لهما دور فعال في تنظيم العديد من المهرجانات والبطولات الرياضية الخليجية والعربية والدولية وإظهارها بالصورة المشرقة إيمانا من سموه بأهمية توفير المناح الملائم والظروف المالية أمام شباب المملكة لممارسة هواياتهم الرياضية.

وكان للراحل اهتمام بدعم ورعاية المسابقات المحلية في شتى الألعاب الرياضية، حيث وافق سموه على إطلاق "دوري كأس خليفة بن سلمان لكرة القدم" على مسابقة الدوري الممتاز لكرة القدم ابتداء من موسم 2006 – 2007 ولغاية موسم 2008 – 2009 مع توفير مكافآت مالية سخية للأبطال انطلاقا من حرص سموه على تشجيع أبنائه الرياضيين.

كما تشرفت اسرة كرة السلة البحرينية باستحداث بطولة كأس خليفة بن سلمان لكرة السلة والتي أقيمت نسختها الأولى الموسم الماضي 2016/2017 ويحصل بطلها والوصيف على مكافآت مالية، ونالت المسابقة أهمية كبيرة وزخمًا تنافسيًّا من قبل جميع الأندية التي تتطلع للظفر باللقب والتشرف بالسلام على سمو رئيس الوزراء.