التزمت المحكمة الكبرى العسكرية بكفالة ضمانات المتهمين خلال كافة مراحل المحاكمة، وهو ديدن القضاء العسكري منذ تأسيسه في العام 1968 مع إنشاء قوة دفاع البحرين، ومن أهم هذه الضمانات: الالتزام الكامل بقانون الإجراءات الجنائية لسنة 2002 المطبق في القضاء المدني، في كافة المراحل باستصدار أذون الضبط والتفتيش، وخلال مرحلة التحقيق والتسجيل المصور للتحقيق تأكيدا على ما نصت عليه توصيات لجنة التحقيق الخاصة في أحداث 2011؛ للتأكيد على عدم تعرض أي متهم لأي ضغوط أو إكراه.

علانية الجلسات وذلك بالسماح لعائلات المتهمين بالحضور، والالتقاء بهم عقب نهاية كل جلسة، وقد تم توثيق هذه الزيارات واللقاءات بالصور.

السماح لكل متهم بتوكيل محام للدفاع عنه، وانتداب محامين لغير القادرين على توكيل محامين، وإتاحة الفرصة للمحامين بالترافع شفهيا أمام المحكمة، وتفنيد الاتهامات وإبداء دفوعهم على النحو الذي يرونه.

السماح لعدد من المنظمات الحقوقية والمعنية بحقوق الإنسان والإعلام وذوي المتهمين بحضور الجلسات كافة.

المحاكمة تتم مثل سائر المحاكمات العسكرية، على ثلاثة درجات، فبعد صدور الحكم من المحكمة العسكرية الكبرى، يحق للمتهمين استئناف الحكم أمام محكمة الاستئناف العسكرية العليا، وكذلك الطعن أمام محكمة التمييز العسكرية في الحكم. جميع أعضاء القضاء العسكري مستقلون ولا سلطان عليهم في قضائهم سوى القانون، كما أن تعيينهم يتم بأوامر ملكية،  وليس بأوامر من القائد العام.