تضطلع جمارك البحرين بدور مهم لدعم الاقتصاد الوطني، متابعين ذلك عبر تاريخها خلال 1860 - 2023م وصولاً إلى الرؤية الاقتصادية 2030م. 
بدأ دور الجمارك في التبلور خلال 1860 - 1917م، منذ أوكلت مهام إدارة الجمارك وجمع الضرائب إلى تاجر بارز، الذي نجح في تحصيل الضرائب والرسوم الجمركية والالتزام وبدفع مبلغ معين للحكومة لمدة 35 عاما، في فترة حكم الشيخ عيسى بن علي آل خليفة، آمرا ببناء رصيف حجري العام 1904م، لتعجيل سرعة نقل وشحن البضائع. وفي 1917م، شهدت جهاز الجمارك نقلة نوعية في تنظيمه ببناء أول مبنى جمركي بالمنامة قبالة باب البحرين، تبعه تأسيس إدارة جمركية العام 1923م، ومن ثم افتتح حاكم البحرين الشيخ حمد بن عيسى آل خليفة مبنى الجمارك قرب فرضة المنامة في 1937م، وبعد عقد طورت إجراءات إنزال البضائع في فترة حاكم البحرين الشيخ سلمان بن حمد آل خليفة، وتم إصدار أول قانون جمركي بمنطقة الخليج العربي في 1950م، وإصدار العديد من القواعد واللوائح المتعلقة بالجمارك بسبب زيادة حجم التجارة، مؤديةً إلى تشييد ميناء سلمان في 1957م، والذي افتتحه في 1962م، أمير دولة البحرين سمو الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة، لتمكين سفن الحاويات الكبيرة بالرسو بالبلاد لأول مرة، وتوسعة مداخل ميناء سلمان، وافتتاح الرصيف العائم متسعا لرسو باخرتين”.
 في 1981م انضمت البحرين إلى اتفاقية مجلس التعاون الخليجي الاقتصادية الموحدة للسياسات الاقتصادية للدول الأعضاء بالمجلس، وفي 1986م افتتح جسر الملك فهد بين مملكة البحرين والمملكة العربية السعودية الشقيقة، كمنفذ بري داعم للتجارة الخارجية. 
في 1994م انضمت البحرين إلى وثيقة تأسيس منظمة التجارة العالمية في 1994م. وعضوا في 2001م، باتفاقية إنشاء مجلس التعاون الجمركي، بمنظمة الجمارك العالمية. 
وفي 2006م صارت المملكة عضوا بالاتحاد الجمركي لدول مجلس التعاون الخليجي، الداعم لحركة التجارة بالخليج العربي. في 2008م، انتقلت تبعية شؤون الجمارك من وزارة المالية إلى وزارة الداخلية، وفي 2009م افتتح ميناء خليفة بن سلمان، والذي يعمل على أحدث طراز وبمرافق عالية المستوى، ونكمل.