يستفحل الخلاف بين تركيا ومصر في العديد من القضايا، ولربما يعد ملف الإخوان أبرزها والقضية الرئيسية التي أدت لتدهور العلاقات المصرية التركية خلال السنوات الماضية، فمصر تصنف الإخوان كجماعة إرهابية، بينما تقدم لهم تركيا جميع أنواع الدعم اللوجستي والمالي وحتى المعنوي، حتى أن أردوغان انتقد في كثير من المرات النظام في مصر وعبر عن تأييده الكامل للإخوان، ذلك ما اتضح جلياً من خلال تقديمه الدعم الكامل واللامحدود للإخوان، حيث تعتبر تركيا بمثابة المقر السياسي والإعلامي لهذه الجماعة.

بجانب ذلك يعتبر الملف الليبي من أهم الملفات التي تعكس الصراع التركي، حيث أمدت تركيا حكومة فايز السراج آنذاك بالعدة والعتاد والذي كان ظاهرياً بطلب من الحكومة، لكن القاهرة كانت ترى في ذلك التدخل تهديداً لأمنها القومي، خصوصاً أن مصر تتشارك مع ليبيا حدودا تقارب 1050 كلم، ذلك ما أدى لاستفحال الخلاف وتلويح القاهرة بالتدخل العسكري في ليبيا لحماية أراضيها ومصالحها القومية.

على الطرف الآخر كان ترسيم الحدود البحرية الغنية بالغاز سببا مهما في الخلاف بين الدولتين، حيث رسمت القاهرة خلال السنوات الأخيرة حدودها في البحر المتوسط مع كل من قبرص واليونان وأنشأت منتدى غاز شرق المتوسط ومقره القاهرة، والذي تسعى الدول المشاركة فيه لإقامة سوق غاز إقليمية على أساس وقواعد قانونية تحفظ حق الدول الأعضاء، ذلك ما أثار غضب تركيا التي تمتلك حدوداً تطل على البحر المتوسط لكنها تعاني من خلافات مع جيرانها فيما يخص ترسيم الحدود وأحقية البحث والتنقيب عن الغاز.

ومؤخراً قامت تركيا بخطوات إيجابية في سبيل تحسين علاقتها مع مصر، ذلك ما تجلى من خلال تخفيض الخطاب العدائي للقنوات الإخوانية التي كانت تهاجم مصر من أنقرة بطلب من السلطات التركية، وذلك ما رأى فيه المحللون بداية للتحول في السياسة التركية، وعلى الرغم من أن السياسة المصرية الحالية معروفة باحترام دول الجوار والسعي لإقامة علاقات ثنائية مميزة قائمة على التعاون المشترك إلا أن التأني وتقييم الانفتاح تجاه النظام التركي لا أعتقد أن القاهرة ستغفل عنه.