أفاد تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية بضعف فاعلية المراجعات التي تضطلع بها هيئة جودة التعليم والتدريب  في تطوير أداء المدارس الحكومية ومؤسسات التدريب المهني المرخصة من قبل وزارة التربية والتعليم، حيث تبين تراجع أداء تلك المدارس والمؤسسات، إذ ارتفعت نسبة المدارس والمؤسسات الحاصلة على تقدير "غير ملائم" وفقا للتقارير الصادرة عن الهيئة خلال دورات المراجعة الثلاث التي قامت بها منذ تأسيسها، مما يستوجب زيادة التنسيق بين الهيئة والوزارة لتنفيذ التوصيات الصادرة بتقاريرها بما يساهم في تطوير أداء تلك المدارس والمؤسسات.

كما لوحظ بأن الإدارة العامة لمراجعة أداء المؤسسات التعليمية والتدريبية (الإدارة العامة)  لم تقم منذ إنشاء الهيئة بمراجعة جودة أداء رياض الأطفال ومؤسسات ذوي الاحتياجات الخاصة، وكذلك البرامج الأكاديمية الخاصة بشهادة الدكتوراه والدبلوم وبرامج التعليم العالي التابعة لجهات خارجية وتستضيفها مؤسسات محلية، وذلك على الرغم من أن تلك المؤسسات والبرامج خاضعة لمراجعة الهيئة بموجب المادة (4) من المرسوم رقم (32) لسنة 2008 بإنشاء وتنظيم الهيئة.

ورصد التقرير بأن الهيئة  لم تقم  بالتنسيق بشكل فعال مع مجلس التعليم العالي لوضع الحلول المناسبة للحد من الازدواجية والتداخل القائم في نطاق عمل الإدارة العامة والمجلس فيما يتعلق بالمراجعة المؤسسية لمؤسسات التعليم العالي، حيث تقوم كلا الجهتين بمراجعة تلك المؤسسات بالاستناد إلى معايير جودة متشابهة تتعلق بالحوكمة
وجودة التعليم والبحث العلمي والشراكة المجتمعية وخدمات مساندة الطلبة، مما لا يحقق التكامل بين عمل الجهتين والاستخدام الأمثل للمال العام المنفق على المراجعات التي تقوم بها الجهتان.