يعتبر مسجد “الخميس” الذي يوجد في قرية “الخميس” أقدم مسجد في مملكة البحرين، وأول مسجد يبنى خارج حدود الجزيرة العربية، حيث بني في عهد الخليفة الأموي عمر بن عبدالعزيز، وذلك بعد أن دخل أهل البحرين في الإسلام فور وصول مبعوث النبي محمد صلى الله عليه وسلم إليهم حاملا كتابا يدعوهم للدخول في الإسلام.
ويمثل المسجد الذي مازال موجودا ببنائه القديم أحد أبرز المعالم الإسلامية في البحرين، والذي يدلل على التعاطي الإيجابي السريع. لأهل البحرين مع الدعوة المحمدية، حيث كان المسجد يحتضن شعائر الصلاة بالإضافة لإقامة صلاة الجمعة والعديد من الاحتفالات الدينية.
يمتاز المسجد ببنائه الإسلامي واعتماده فن العمارة في العصر الأموي، كما أن العديد من الإضافات أدخلت عليه آخرها كان في القرن السادس عشر الميلادي، وبعد ذلك تعاقبت أعمال الترميم عليه للحفاظ عليه كأحد أبرز المعالم التراثية الإسلامية في البحرين.
يتضمن المسجد منارة غربية بنيت في النصف الثاني من القرن الحادي عشر الميلادي يبرز عليها نقش حجري بالخط الكوفي، أما المنارة الثانية فبنيت في القرن السادس عشر الميلادي.
وقد استخدمت في بناء المسجد جذوع النخيل والجص والحصى.
وتتمثل مرافق المسجد بمدرسة عنيت بنشر التعاليم الإسلامية، ويدرس فيها كبار علماء الدين في البحرين، وكانت تشهد إقبالا كبيرا من قبل أهالي المناطق المجاورة، كما تضمنت سكنا خاصا للطلاب.
في القرن الرابع عشر الميلادي بنيت مقابر لبعض علماء الدين في الجانب الشرقي من المسجد تم تمييزها بشواهد حجرية كتبت عليها بعض الآيات القرآنية ومعلومات عن العلماء الذين تم دفنهم فيها.
وتوجد في المسجد بئر ماء لاستخدام المصلين، وقد اشتهرت المنطقة القريبة من المسجد الأثري بإقامة سوق شعبي كل يوم خميس تباع فيه المنتجات المحلية للأهالي.
بحسب الروايات الحالية فإنه لم يتبق من البناء الأصلي للمسجد الذي شيد في عهد الخليفة عمر بن عبدالعزيز سوى جدار القبلة الذي يتوسطه المحراب على عمق متر واحد من المنارة الغربية. وشهد المسجد على مر القرون عدة عمليات لتوسعته، حيث أضيفت إلى بنائه الأعمدة الأسطوانية والأقواس المحدبة. من أبرز ما يميز المسجد مئذنتاه المتشابهتان، واللتان ترتفعان بصورة متناظرة ويبلغ طول كلا منهما 25 مترا، في حين أن قطر المئذنة الغربية أكبر قليلا من الشرقية، ويقع سلما المئذنتين في باطنهما ويلتف بصورة لولبية عليهما بطريقة السلم الحلزوني، حيث تتضمن المئذنة الغربية 91 درجة، و72 درجة في المئذنة الشرقية. ويبلغ سمك جدار المبنى 60 سنتيمترا.
وبحسب نتائج البعثة الفرنسية في المسجد بقيادة الباحثة الأثرية مونيك كيرفان فقد تبين أن المسجد أعيد بناؤه مرتين على الأقل، حيث تم اكتشاف ثلاث طبقات من البناء، وهو ما دفع البعثة الفرنسية للاستنتاج بأن هناك ثلاثة مساجد على الأقل بنيت في الموقع نفسه.
يبعد المسجد الأثري عن العاصمة المنامة قرابة أربعة كيلومترات، ويعتبر من أبرز المعالم الأثرية التي تستقطب الزوار على مدار العام، ويعتبره أهل منطقة الخميس رمزا مميزا لقريتهم الصغيرة.