أكد تقرير الرقابة المالية والإدارية للعام 2022 و2023 إن الجهاز الوطني للإيرادات خلال الفترة منذ إنشائه في أكتوبر 2018 حتى انتهاء أعمال الرقابة في ديسمبر 2022 لم يقم بالتدقيق على الإقرارات المقدمة من المرخص لهم بإنشاء مستودعات ضريبية لإنتاج أو تخزين السلع الانتقائية المنتجة محلياً أو المستوردة تحت وضع مُعلق للضريبة، والبالغ عددها 74 إقراراً، الأمر الذي لا يتيح للجهاز التحقق من صحة الضرائب المحصلة من أصحاب تلك المستودعات.
فيما علق الجهاز على الملاحظة الواردة بالإشارة إلى أنه “في طور استحداث نظام آلي خاص بالانتقائية هذا العام، حيث سيتم رفع الحالات المؤهلة للتدقيق بعد إتمام نقل البيانات وجاهزية تقارير المدخلات والتوافق على منهجية تحليل المخاطر”. 
وأورد التقرير جملة إضافية من الملاحظات، حيث أشار إلى أن دور الجهاز الوطني للإيرادات يقتصر على إدارة ضريبة القيمة المضافة والضريبة الانتقائية، دون أن يتولى إدارة ضريبة الدخل المفروضة على شركات النفط والغاز، وضريبة بنزين السيارات المفروضة على المبيعات المحلية للبنزين المستخدم بالسيارات، واللتين لا تزال تتولى إدارتهما وزارة المالية والاقتصاد الوطني، الأمر الذي لا يتماشى مع أحكام المادة (3) من المرسوم رقم (45) لسنة 2018 بإنشاء وتنظيم الجهاز والتي أوكلت للجهاز مسؤولية إدارة وتحصيل ورقابة جميع أنواع الضرائب. 
من جانبه، علق “الوطني للإيرادات” بالقول “يتولى الجهاز حاليًا إدارة وتحصيل ورقابة الضرائب المسندة إليه والخطط الاستراتيجية الموضوعة لأفضل طريقة لحوكمة تحصيل هذه الضرائب والرقابة عليها”.