أورد تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية ملاحظاته التفصيلية بشأن الرقابة على أنظمة الرقابة الداخلية والالتزام بالقوانين والأنظمة المتعلقة برسوم الرعاية الصحية الأساسية، متمثلة فيما يلي:
عدم التزام وزارة الصحة بإرسال إشعارات الدفع وفقًا للإجراءات المتبعة، وتراكم الذمم المالية المدينة المستحقة للوزارة عن رسوم الرعاية الصحية الأساسية وزيادة رصيدها بشكل سنوي، وعدم اتخاذ الإجراءات المتبعة تجاه المتخلفين عن الدفع والمتمثلة إما بالاتفاق على تقسيط المبلغ المستحق، أو إقامة دعوة قضائية ضد المنشأة.
وأوصى التقرير الوزارة بما يلي: إرسال إشعارات مسجلة بعلم الوصول لتلك المنشآت ومطالبتها بسداد المبالغ المستحقة عليها، واتخاذ الإجراءات المناسبة إزاء المنشآت المتأخرة عن دفع الرسوم المستحقة عليها إما بالاتفاق معها على تقسيط المبلغ أو تحويلها إلى جهاز قضايا الدولة.
ولاحظ التقرير أيضًا ضعف أنظمة الرقابة على الفواتير وإيصالات الاستخدام كما يلي:
عدم وجود الأرقام التسلسلية لعدد 4130 فاتورة من الفواتير التي أصدرها النظام، ولا يوجد بالنظام أي مرجع لها، عدم وجود الأرقام التسلسلية لعدد 131 إيصال استلام رسوم صدرت من خلال النظام خلال الفترة من يناير 2012 وحتى ديسمبر 2014.
وجود 82.875 تعديلا تم إجراؤه على 9932 فاتورة خلال الفترة من يناير 2012 إلى 14 مايو 2015 تم بموجبها خصم مبالغ من الفواتير بلغت 1.68 مليون دينار، وإضافة ما مجموعه 630 ألف دينار.
ولوحظ أن عدد العمال في بعض فواتير الرسوم الشهرية يقل عن العدد الموجود في كشوف هيئة التأمين الاجتماعي التي تعتمد عليها الوزارة في احتساب الرسوم وإصدار الفواتير. ولوحظ أيضا أن الوزارة لم تقم بمعالجة خلل في برمجة النظام الآلي، حيث يقوم بالإضافة إلى إلغاء مبلغ الشيك المرجع من البنك بإلغاء مبالغ أخرى سبق أن دفعتها المنشأة.

وبشأن ما ورد أعلاه، أوصى التقرير بـ:
- توثيق أسباب جميع التعديلات التي تجرى على فواتير وإيصالات الرسوم والاحتفاظ بالمستندات الثبوتية، وإصدار تقارير من النظام بالتعديلات التي يجريها مستخدمو النظام بشكل دوري ومنتظم، ومراجعتها أولاً بأول.
- إعادة برمجة النظام الآلي لضمان عدم تمرير أية تعديلات أو حذف في بيانات الفواتير وإيصالات الاستلام، والاحتفاظ ببيانات أي فاتورة أو إيصال استلام يتم إلغاؤه مع التأشير عليها بأنها ملغية. وربط الفواتير التي يتم نقلها من قائمة الفواتير العادية إلى قائمة الفواتير القانونية بحيث تسمح بمتابعة مآل كل فاتورة.
- حصر جميع حالات التعديل التي أجريت في فواتير الرسوم الشهرية مدينة كانت أو دائنة، وحصر واستخراج الفواتير والإيصالات المفقودة من قاعدة بيانات النظام، والبحث في أسباب فقدها واتخاذ الإجراءات اللازمة لتصحيح أي أخطاء حصلت بفواتير المنشآت نتيجة لفقدها.
- العمل على إجراء مراجعة شاملة لعدد عمال المنشآت المسجلة في النظام والمحسوب على أساسها الرسوم المستحقة للوزارة، والعمل فورًا على معالجة الخلل الحاصل في برمجة النظام.

ولوحظ أيضًا عدم سعي الوزارة للتنسيق مع هيئة تنظيم سوق العمل والهيئة العامة للتأمين الاجتماعي بشأن إجراءات تحصيل الرسوم المستحقة كما يلي:
- عدم قيام الوزارة باتخاذ أي إجراءات للتنسيق فيما بينها وبين هيئة تنظيم سوق العمل والهيئة العامة للتأمين الاجتماعي لتحصيل الرسوم المستحقة عن عمال المنشآت البحرينيين على الرغم من مرور أكثر من سبعة أشهر من صدور قرار مجلس الوزراء المعني بذلك.
- عدم وجود آلية لدى الوزارة تمكنها من التأكد من صحة وإكمال الرسوم التي تحصلها هيئة تنظيم سوق العمل عن عمال المنشآت غير البحرينيين، والتي شرعت في تحصيلها نيابة عن الوزارة ابتداء من يناير 2015.

ووفقًا لما ورد، أوصت ملاحظات التقرير بالتالي:
- التنسيق مع هيئة تنظيم سوق العمل والهيئة العامة للتأمين الاجتماعي لحصر العمال البحرينيين العاملين في المنشآت الخاصة، ووضع الإجراءات اللازمة لاحتساب وتحصيل الرسوم على المنشآت التي يعملون فيها.
- وضع آلية للتحقق من صحة واكتمال الرسوم التي تحصلها هيئة تنظيم سوق العمل نيابة عن الوزارة بشكل دوري ومنتظم.