ولوحظ عدم التزام الوزارة أحيانًا بتطبيق الإجراءات والأنظمة المتعلقة بالحصول على ضمانات التنفيذ الخاصة بالمشاريع، مما لا يساعد على حفظ حقوق الوزارة في حال عدم وفاء المقاولين والموردين بالتزاماتهم التعاقدية، ومنها مشروع دراسة استشارية لاقتراح المسار المناسب في مملكة البحرين لـ (سكة حديد دول مجلس التعاون)، إذ حُدد مبلغ ضمان التنفيذ بـ32,130 دينار، لم يلتزم الفائز بالمناقصة بتأديته.

كما لم تحصل الوزارة على ضمان التنفيذ عن الأعمال الإضافية التي تطلب تنفيذها خارج العقد الأصلي، كما لا تقوم بحجز المبلغ من مستحقات المورد أو المقاول لتغطية قيمة الضمان التكميلي، وهو ما يحول دون الحفاظ على حقوقها في حالة ظهور عيوب في الأعمال الإضافية.