اعتمدت المؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان مدونة قواعد السلوك الوظيفي وأخلاقيات العمل الخاصة بموظفي الأمانة العامة، حيث تكفل المدونة تنظيم وحسن سير عمل الموظفين وصولا الى تقديم خدمات عامة تنسجم واختصاصات المؤسسة الوطنية. 
وأكد الدكتور خليفة بن علي الفاضل أمين عام المؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان بالوكالة بأن مدونة قواعد السلوك الوظيفي قد جاءت بعد دراسة مستفيضة للوصول الى تقديم خدمات تتوافق مع اهداف المؤسسة الوطنية المقدمة الى المواطنين والمقيميين ضمن معايير تتسم بالدقة والموضوعية والنزاهة والحياد، من دون تمييز بسب الجنس او الاصل او اللغة او الدين او المذهب او المعتقد او الانتماء السياسي. 
وأضاف الدكتور الفاضل بأن المدونة تسعى إلى إرساء وتعزيز الالتزام بالمعايير السلوكية والأخلاقية والقيم والأعراف المهنية المنسجمة مع طبيعة عمل المؤسسة، والعمل على تعزيز مبدأ تكافؤ الفرص وتعزيز قيم النزاهة والمصداقية، فضلا عن خلق بيئة عمل داخلية إيجابية ومحفزة قائمة على الاحترام والمهنية، ومواكبة الانسجام مع التوجه الوطني العام القائم على اتباع أفضل الممارسات في النزاهة والشفافية، وتعزيز ثقة الجمهور والجهات ومؤسسات المجتمع المدني بعمل المؤسسة. 
الجدير بالذكر، ان مدونة قواعد السلوك الوظيفي تستند على ستة مبادئ اساسية تمثل الحد الادنى لجوهر الواجبات الاخلاقية وهي: احترام القوانين، والحيادية، والنزاهة، والاجتهاد، والسرية، والفاعلية.